در ۲۱ خرداد ۱۳۴۸، رژیم بعث عراق حاج آقا مصطفی خمینی را پس از دیدار با آیتالله حکیم بازداشت و به بغداد منتقل کرد، اما این اقدام کوچکترین تأثیری در روحیه امام خمینی نداشت.