به نقل از روابط عمومی سپاه کربلا، شهید باکویی که سالها به عنوان پژوهشگر هستهای، منشا خدمات فراوانی برای کشور و نظام شد سرانجام در سحرگاه جمعه ۲۳ خرداد ۱۴۰۴ به همراه همسر و دو فرزندش بر اثر جنایات رژیم اسراییل در تهران به درجه رفیع شهادت نائل آمد.