Όπως είπε η εκπρόσωπος Τύπου της Νέας Δημοκρατίας ο Οργανισμός "μπαίνει τώρα σε μια άλλη εποχή με πλήρη και απόλυτη διαφάνεια και βεβαίως με απόλυτη δικαιοσύνη σε ότι αφορά στην κατανομή των ευρωπαϊκών πόρων. Η απόφαση κατάργησης του ΟΠΕΚΕΠΕ και μεταφοράς στην ΑΑΔΕ είναι μια απόφαση για να λυθεί αυτός ο "γόρδιος δεσμός"".