باهنر در سخنانی پیرامون مسئولیت مقام معظم رهبری گفت: در بخشهایی که مستقیماً به عهده رهبر معظم انقلاب است، مانند فرماندهی کل قوا، تعیین رئیس قوه قضاییه، تعیین فقهای شورای نگهبان و موارد مشابه، ایشان مسئولیت قانونی دارند.