نائن الیون حملوں کے 17 ماہ بعد تک خالد شیخ محمد کو سی آئی اے نہیں پکڑ سکی تھی۔ تاہم یکم مارچ 2003 کو ایک مخبر کی اطلاع پر خالد شیخ محمد کو راولپنڈی کے ایک گھر سے گرفتار کیا گیا تھا۔