(Dikyedarling/Wikimedia Commons), CC BY● eDNA dapat mendeteksi keanekaragaman hayati melalui jejak makhluk hidup di alam, termasuk sungai Kalimantan.● Analisis eDNA melengkapi survei lapangan tanpa perlu menangkap satwa.● Kelengkapan basis data genetik krusial untuk mengidentifikasi hasil eDNA.Apa yang sebenarnya hidup di dalam hutan Kalimantan?Pertanyaan ini tidak selalu mudah dijawab. Hutan yang luas, vegetasi yang rapat, dan satwa yang sebagian sulit ditemukan membuat pendokumentasian keanekaragaman hayati bukanlah pekerjaan sederhana. Baca juga: Membangun ‘big data’ keanekaragaman hayati kita Namun, ada cara lain untuk mencari jawabannya. Bukan dengan mengejar satwa satu per satu, melainkan membaca jejak DNA yang mereka tinggalkan di lingkungan. Metode ini dikenal sebagai environmental DNA (eDNA).Organisme bisa meninggalkan DNA ke lingkungan melalui berbagai material biologis, mulai dari sel kulit, rambut, sisik, hingga kotoran. DNA juga bisa dilepaskan lewat lendir, urine, darah, telur, serbuk sari, daun, hingga bagian tubuh yang membusuk. DNA tersebut memang tidak terlihat oleh mata. Namun, dengan teknologi yang tepat, jejak kecil itu dapat memberikan petunjuk mengenai organisme yang keberadaannya terdeteksi di suatu lingkungan. Jejak itu mungkin tersimpan di dalam segelas air sungai.Di dalam air sungai yang tampak biasa saja, bisa tertinggal jejak berbagai makhluk hidup yang berenang, hidup, atau sekadar melintas di sekitarnya. Membaca jejak organisme di lingkunganKetika DNA dari berbagai organisme dalam satu sampel dianalisis secara bersamaan (DNA metabarcoding), peneliti dapat memperoleh gambaran tentang komunitas makhluk hidup di suatu lingkungan. Baca juga: Peneliti Indonesia berhasil kembangkan metode eDNA untuk temukan keberadaan hiu berjalan endemik di Raja Ampat Bagi hutan Kalimantan, pendekatan ini menarik karena tidak semua penghuninya mudah ditemukan. Ada satwa yang aktif pada malam hari, hidup di tempat yang sulit dijangkau, bersembunyi di balik vegetasi, atau memiliki jumlah individu yang sangat sedikit. Mencari mereka satu per satu melalui pengamatan langsung tentu membutuhkan waktu dan usaha yang tidak sedikit.Prinsip eDNA sebenarnya cukup sederhana. Peneliti mengambil sampel lingkungan, misalnya air, tanah, atau sedimen, atau bahkan udara, kemudian mengekstraksi DNA yang terdapat di dalamnya. Potongan-potongan DNA tersebut lalu dianalisis dan dicocokkan dengan sekuens (urutan) DNA yang sudah ada sebelumnya. Cara ini dilakukan untuk mengetahui kemungkinan organisme yang meninggalkan jejak tersebut. Infografis seputar pengambilan sampel eDNA hingga tahap analisis. (Thomsen & Willerslev, 2015), CC BY Bayangkan seekor ikan berenang melewati sungai. Dalam perjalanan itu, ikan dapat melepaskan sel kulit, lendir, sisik, kotoran, atau material biologis lainnya ke dalam air. Jejak-jejak kecil tersebut kemudian menjadi bagian dari lingkungan dan dapat dikumpulkan untuk dianalisis. Karena itu, eDNA sering dianalogikan seperti membaca jejak kaki. Kita mungkin tidak melihat siapa yang berjalan melewati suatu tempat, tetapi jejak yang ditinggalkannya dapat memberikan petunjuk mengenai keberadaannya. Pendekatan ini bukan sekadar gagasan di laboratorium. Di Indonesia, eDNA mulai digunakan untuk mendokumentasikan keanekaragaman hayati, termasuk di Kalimantan.Dari segelas air di Kalimantan TimurSalah satu contohnya datang dari Mesangat Ilir, Kalimantan Timur.Penelitian Maulizar dan tim (2026) membandingkan hasil survei ikan yang ditangkap pakai metode konvensional dengan analisis eDNA metabarcoding air di Sungai Mesangat Ilir. Hasilnya, metode konvensional menemukan 19 spesies ikan, sedangkan eDNA mendeteksi enam spesies. Lima spesies terdeteksi oleh kedua metode, sementara satu spesies, Trichopsis vittata, hanya terdeteksi melalui eDNA dan tidak tertangkap dalam survei konvensional.Temuan ini menunjukkan bahwa satu metode belum tentu mampu menangkap seluruh gambaran kehidupan dalam suatu ekosistem.Menariknya, metode konvensional dalam penelitian tersebut justru menemukan lebih banyak spesies. Ini menunjukkan bahwa eDNA bukan pengganti survei lapangan. Keduanya dapat memberikan informasi yang berbeda dan saling melengkapi. Baca juga: Menguji efektivitas teknologi baru eDNA, ampuh mendeteksi biodiversitas laut lewat sisa sel hingga jejak kotoran Kajian sistematis terbaru juga menunjukkan bahwa eDNA memiliki kemampuan deteksi yang tinggi, tetapi hasilnya tidak selalu sama dengan metode konvensional.Bagi pulau seluas Kalimantan, kombinasi berbagai metode ini sangat penting untuk mengenali keanekaragaman hayati.DNA juga punya keterbatasanAnalisis eDNA dapat membantu kita memperluas pemantauan tanpa harus selalu menangkap atau melihat organisme secara langsung.Meski terdengar sederhana, membaca DNA dari lingkungan tidak semudah mengambil air lalu mengetahui seluruh isi hutan. DNA dapat berpindah dari lokasi asalnya melalui aliran air, mengalami pengenceran, atau terdegradasi akibat kondisi lingkungan. Karena itu, keberadaan DNA dalam suatu sampel tidak selalu berarti organisme tersebut sedang berada tepat di lokasi pengambilan sampel. Faktor lingkungan dan proses perpindahan DNA perlu dipertimbangkan ketika menafsirkan hasil eDNA. Ada persoalan lain yang tidak kalah penting: kita membutuhkan “perpustakaan genetik” biodiversitas yang lengkap.Hasil eDNA umumnya dicocokkan dengan basis data sekuens DNA yang sudah diketahui. Jika suatu spesies belum memiliki data genetik yang memadai, DNA yang ditemukan mungkin hanya dapat dikenali sampai tingkat kelompok yang lebih umum, atau bahkan tidak dapat diidentifikasi dengan baik. Kelengkapan basis data referensi menjadi salah satu faktor penting dalam keberhasilan eDNA metabarcoding. Dokumentasikan sebelum terlambatDi sinilah eDNA memiliki peluang penting bagi Indonesia.Pendokumentasian biodiversitas tidak cukup hanya dengan mengetahui spesies yang mudah ditemukan. Kita perlu juga mencatat kehidupan yang sulit diamati, terutama di wilayah yang luas dan terus mengalami perubahan lingkungan. Baca juga: Mengapa satwa langka rentan punah? Begini kata genetika Pengambilan sampel air atau tanah secara berkala dapat bantu membangun gambaran mengenai komunitas organisme di suatu kawasan. Jika dilakukan secara berkala, data ini berpotensi menunjukkan perubahan komposisi kehidupan di dalam ekosistem. eDNA dipandang sebagai salah satu pendekatan yang dapat memperluas pemantauan biodiversitas, terutama pada ekosistem yang masih minim data.Namun, pekerjaan ini tidak berhenti pada pengambilan sampel. Kita juga perlu memperkuat koleksi spesimen, memperluas DNA barcoding (mengidentifikasi spesies makhluk hidup secara cepat dan akurat pakai potongan sekuens DNA pendek dari gen standar), membangun basis data referensi, serta memastikan data genetik yang sudah dihasilkan dapat disimpan dan digunakan kembali. Koleksi spesimen hewan dan tumbuhan yang diwaetkan juga bisa menjadi sumber penting untuk melengkapi kekosongan data dalam basis data referensi eDNA. Baca juga: Teknik rekayasa DNA CRISPR/Cas9 jadi inovasi mutakhir bioteknologi, apa saja manfaatnya? Mungkin, sebagian cerita tentang hutan Kalimantan memang tidak selalu harus dimulai dengan menemukan seekor hewan.Kadang-kadang, kita hanya perlu mengambil segelas air.Di dalamnya, mungkin terdapat jejak kehidupan yang tidak pernah kita lihat, tetapi penting untuk kita kenali sebelum jejak tersebut semakin sulit ditemukan.Kalimantan dapat menjadi salah satu tempat penting untuk memulai upaya tersebut.Hapiz Al Khairi tidak bekerja, menjadi konsultan, memiliki saham, atau menerima dana dari perusahaan atau organisasi mana pun yang akan mengambil untung dari artikel ini, dan telah mengungkapkan bahwa ia tidak memiliki afiliasi selain yang telah disebut di atas.