सिद्ध बाबा गुफा मंदिर को लेकर विवाद गहराता जा रहा है। मंदिर में वर्ष 1995 से पूजा-अर्चना कर रहे चरण दास बाबा को कथित रूप से डराने-धमकाने, मारपीट करने और जान से मारने की धमकी देने का मामला सामने आया है।