ओवैसी ने मुख्य चुनाव आयुक्त के चयन पर भी सवाल उठाए हैं। ओवैसी ने कहा कि CEC चयन प्रक्रिया में बदलाव की जरूरत है। इस चयन प्रक्रिया में तीन लोगों को शामिल होना चाहिए।