پیامهای منتسب به مجتبی خامنهای پس از امضای تفاهمنامه، چنان وضعیت پیچیدهای را برای شورای عالی امنیت ملی ایجاد کردند که از اساس، «موضوعیت» این نهاد حکومتی را در تصمیمگیریهای مرتبط با آمریکا زیر سوال بردند.