بدأت عملية الاعتراض حين امتلأت سماء الأسطول بأسراب من الطائرات المسيّرة الإسرائيلية، مع تشويش عام لكل وسائل الاتصال للأسطول الذي تمكّنت بعض قواربه من النفاذ إلى المياه الإقليمية اليونانية.