آخوند حکومتی به درست یا در مقام انگ به کسانی گفته می‌شد که با اوقاف ارتباط داشتند یا در علن یا خفا از آیت‌الله خمینی یا مجاهدین خلق انتقاد می‌کردند یا با روحانیون غیر سیاسی مثل آقای خوانساری رفت‌و‌آمد داشتند یا به انجمن حجتیه منتسب بودند یا در برخی محافل رسمی دیده می‌شدند حال آن که مطهری در هیچ یک از این فقرات نمی‌گنجید و به عکس حشر و نشر او با مهندس بازرگان و دکتر سحابی و تیپ‌های دانشگاهی مذهبی خاصه دو انجمن اسلامی مهندسین و پزشکان بود.