मालेगांव धमाके में इस्तेमाल दोपहिया वाहन पर बम लगाए जाने का आरोप था. ATS ने दावा किया था कि वह स्कूटर साध्वी प्रज्ञा ठाकुर का था, लेकिन कोर्ट ने कहा कि उस वाहन का चेसिस और इंजन नंबर पूरी तरह स्पष्ट नहीं थे. कोर्ट ने पूरी जांच में इस तरह की कई खामियां पाईं.