निठारी कांड में कई बुनियादी खामियां रहीं – जैसे फॉरेंसिक साक्ष्य की कमी, पुलिस कस्टडी में दिए इकबालिया बयानों का बिना पुष्टि कोर्ट में पेश किया जाना और अहम सबूतों की गुमशुदगी. इन सब बातों ने पूरे केस की नींव ही हिला दी.