中国国务院在相关文件中表示“建立黄岩岛国家级自然保护区，是维护黄岩岛自然生态系统多样性、稳定性和持续性的关键保障”。此举也引发菲律宾强烈抗议。菲律宾和中国就这座南中国海岛礁存在主权争议，并曾在历史上发生多次摩擦。