برخی افراد پس از خوردن انار با سردرد مواجه می‌شوند. یکی از محتمل‌ترین دلایل بروز سردرد بعد از خوردن انار، حساسیت غذایی است. برخی افراد نسبت به پروتئین‌ها یا ترکیبات خاص موجود در این میوه واکنش ایمنی نشان می‌دهند. این واکنش می‌تواند به شکل‌های مختلفی از جمله سردرد ظاهر شود.