केंद्रीय सुरक्षा एजेंसियां लाल किला विस्फोट को अत्यंत गंभीर मानकर इसकी गहन जांच कर रही हैं। जांच में सामने आया है कि फरीदाबाद–सहारनपुर मॉड्यूल की गतिविधियां कई राज्यों तक फैली हुई हैं। इसी कारण इस पूरे नेटवर्क का पता लगाना और उसे समाप्त करना सुरक्षा एजेंसियों और राज्य पुलिस के लिए बड़ा चुनौतीपूर्ण काम बन गया है।