رفض أقباط السودان تحت ضغوط الحرب ترك أرضهم، خاصة بمدينة شندي، وكغيرهم من السودانيين تعرضوا لانتهاكات الدعم السريع، وغادر بعضهم المدينة لكنهم ما لبثوا أن عادوا. ويحتفظون بعلاقة واسعة ومميزة بالمسلمين.