خبرگزاریهای حکومتی در ایران از انتخاب مجتبی خامنهای به عنوان جانشین پدرش در سمت رهبری جمهوری اسلامی خبر دادند. گمانه زنی درباره انتخاب او از روز کشته شدن علی خامنهای بالا گرفته بود. مجتبی خامنهای در ۳۰ سالگی در سال۱۳۷۸به شهر مذهبی قم رفت تا تحصیلات دینیاش را ادامه دهد. در فاصله زمانی پایان دبیرستان و ورود به حوزه علمیه مشخص نیست که او به چه کارهایی مشغول بوده است. احتمال میرود او در مجموعه دفتر رهبر جمهوری اسلامی ایران کار میکرده است.